服務隊的主要任務是為政府各部門提供每星期七天及每日二十四小時的直升機和定翼機緊急支援服務。
搜索及拯救飛行服務隊的其中一項主要職責是進行搜索及拯救行動。雖然服務隊的職責範圍涵蓋香港以南700海浬的大部分南中國海，但其搜索及拯救行動主要集中在香港周圍400海浬以內的水域。
捷流41型(J-41)定翼機用於長距離搜索及救援行動，負責進行初步搜索。J-41型定翼機會首先抵達現場及作為搜救現場的空中指揮，以引領歐洲直升機公司AS332(超級美洲豹L2)直升機到現場加入搜救行動。如果遇事地點超出L2型直升機的搜救範圍，J-41型定翼機會要求附近之商船提供協助。
至於近岸的搜救行動，服務隊的超級美洲豹L2直升機及歐洲直升機公司EC155 B1(EC155)直升機都會經常在黎明或黑夜時分奉召搜索迷途或受傷的旅行或攀山人士。這些拯救工作，有時還要在新界的高山險嶺、交通不便的地區或離島各處，用吊升方法進行，而且往往是在天氣惡劣的情況下展開。
在颱風襲港或其他天災期間，及至天災過後，服務隊都會忙個不停。我們除了進行搜索及拯救外，還須負責載送政府人員到災區視察、調查財產與農作物的損失、空運供應品和把傷病者送到醫院。
颱風過後，服務隊會四出查察，確認出急需援助的地區，以便在天氣轉好時出動救災。
空中救護服務服務隊提供24小時候命及隨時奉召出動的空中救護服務。在接到各區診所的緊急召喚後，直升機會在20分鐘內抵達香港南部範圍包括港島、長洲、喜靈洲、大嶼山、坪洲及索罟群島。至於其他地區，直升機平均都能夠在接獲通知後30分鐘內到達現場。
除添置緊急醫療監察裝置外，服務隊還擴展"飛行醫生"計劃，招募了更多曾接受專業訓練的醫生和護士義務為傷病者進行專業的創傷治療或緊急治療。最近，服務時間更延長至由星期五至星期一及假日。 每年服務隊平均將1,500名傷病者送抵醫院。 |
警務支援服務香港警察經常徵用飛行服務隊的直升機從事各項工作，包括空運人員、在上空進行交通監察，以及通訊等。此外，飛行服務隊亦經常連同一名水警督察在空中巡邏，搜索非法入境者和走私者。在2001年，服務隊引入超級美洲豹L2型直升機。由於此型號直升機的載重量較大，因而能大大加強了服務隊對警方的支援。
由於J-41型定翼機配備先進的儀器和可作長途飛行，因此警方會經常徵用定翼機執行秘密的巡邏職務，以偵緝走私、非法入境和販毒活動。
滅火服務超級美洲豹L2直升機也可用作滅火用途，而且特別適宜用以撲滅山火。這些行動會與漁農自然護理署和消防處聯合進行。超級美洲豹L2直升機除了設有一般的消防桶裝置外，亦可於其機腹下裝上單缸滅火系統和滅火泡沫釋放系統，以增強滅火的功能。
在每年的撲滅山火行動中，服務隊的直升機平均飛行了300小時。
一般政府支援服務其他的政府部門包括民政事務總署、海事處、民航處及政府新聞處亦經常使用服務隊直升機。特區行政首長在視察偏僻地區時，亦會乘坐服務隊的直升機。
為民航處執行的工作包括機場跑道目視導航設備測試，這類飛行包括為有關機場入口的夜間照明情況作空中拍攝工作，藉以視察其狀況。
服務隊亦協助海事處查察涉嫌在本港水域排出油污的船隻。有需要時，還可在海面上散放化油劑以協助清理油污。
此外，服務隊為重要訪客所做的工作亦相當多；因為大部分這類訪客都希望能在最短時間內遍覽香港，而只有直升機才能做到這點。外國政府部長及重要官員到訪時，往往都會乘搭服務隊的直升機。
航空測量服務-J-41型定翼機經改裝後，增設了高質素的航空攝影機，支援地政總署進行地圖繪製和相關的航空測量工作。
政府飛行服務隊及地政總署會共同提供航空測量服務，予私人機構租用。地政總署會按每項測量工作所需的人手和設備，逐次報價和收取服務費用。
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